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|---|---|---|---|
| Line 4: | Line 4: | ||
| * :!: **Nom de l'acquisition** | * :!: **Nom de l'acquisition** | ||
| - | * :!: **Le nom de l'étude ePims** à laquelle cette analyse se rattache | + | * ( :!: ) **Le nom de l'étude ePims** à laquelle cette analyse se rattache |
| * :!: **Le nom ePims de l'échantillon** qui a été analysé | * :!: **Le nom ePims de l'échantillon** qui a été analysé | ||
| * **Le nom du responsable** de l'échantillon (celui auquel l'échantillon appartient) | * **Le nom du responsable** de l'échantillon (celui auquel l'échantillon appartient) | ||
| Line 12: | Line 12: | ||
| * **La taille** du fichier d'acquisition | * **La taille** du fichier d'acquisition | ||
| - | Les informations précédée de :!: sont absolument requise pour que eP-Back puisse trasférer les données. Si eP-Back ne parvient pas à les retrouver, vous devrez les rentrer manuellement pour chaque analyse dans l'interface utilisateur d'eP-Back (voir [[..:user:ePBack]]). | + | Les informations précédée de :!: sont absolument requise pour que eP-Back puisse trasférer les données. Si eP-Back ne parvient pas à les retrouver, vous devrez les rentrer manuellement pour chaque analyse dans l'interface utilisateur d'eP-Back (voir [[..:user:ePBack]]). |
| + | |||
| + | FIXME Pour des raisons historiques, certaines informations sont obligatoires uniquement pour certains types d'instrument | ||
| Line 33: | Line 35: | ||
| * **Submitter** contient le nom de la personne responsable de l'échantillon ePims | * **Submitter** contient le nom de la personne responsable de l'échantillon ePims | ||
| * **Sample Description** contient la description de l'échantillon (cette information est uniquement affichée par eP-Back) | * **Sample Description** contient la description de l'échantillon (cette information est uniquement affichée par eP-Back) | ||
| + | |||
| + | \\ | ||
| + | __Fichiers spectres__ | ||
| + | |||
| + | * Nom : Deux fichiers sont considérés lorsqu'on considère les fichiers associés aux analyses. les fichiers correspondant à une analyse doivent avoir le même nom que l'analyse mais avec l'extension .pkl et .prp | ||
| + | * Localisation : tous les pkl doivent être localilsés dans un même répertoire (spécifié par l'utilisateur). Les prp sont recherchés dans le même répertoire que celui où sont les //raw files//. | ||
| Line 56: | Line 64: | ||
| * **Operator** contient le nom de l'opérateur de l'instrument | * **Operator** contient le nom de l'opérateur de l'instrument | ||
| * **Submitter** contient le nom de la personne responsable de l'échantillon ePims | * **Submitter** contient le nom de la personne responsable de l'échantillon ePims | ||
| + | |||
| + | \\ | ||
| + | __Fichiers spectres__ | ||
| + | |||
| + | * Nom : le nom du fichier de spectre pour une analyse est le même que le nom de l'analyse mais avec l'extention .mgf | ||
| + | * Localisation : les fichiers de spectres sont dans un sous-répertoire dta par rapport au répertoire contenant les raw file. | ||
| ===== Applied Biosystems ===== | ===== Applied Biosystems ===== | ||
| Line 61: | Line 75: | ||
| Cette configuration a été testée pour | Cette configuration a été testée pour | ||
| * QTrap 4000 | * QTrap 4000 | ||
| + | |||
| + | Dans le batch file de l'instrument les propriétés suivantes doivent être définies : | ||
| + | * :!: **Sample ID** contient le nom de l'échantillon ePims | ||
| + | * **Sample Name** contient la description relative à l'acquisition de l'échantillon | ||
| + | * **DataFile** le nom de l'acquisition | ||
| + | * **operator** corresondant au responsable instrument passant les échantillons. Le nom spécifié doit correspondre au login ePims | ||
| + | |||
| + | \\ | ||
| + | __Fichiers spectres__ | ||
| + | * Nom : Les spectres processés doivent porter le même nom que le fichier d'acquisition mais avec l'extension .mgf | ||
| + | * Localisation : les fichiers de spectres se trouvent dans un sous répertoire //MGF// par rapport au répertoire contenant les acquisitions. | ||
| + | |||
| + | \\ | ||
| + | __Remarque :__ | ||
| + | Il est possible qu'un fichier wiff contienne plusieurs acquisitions. Cette configuration est prise en compte par eP-Back. fichier wiff est alors copié une seule fois qu niveau de l'étude. En effet, le seul cas testé est celui où toutes les acquisitions d'un fichier wiff appartiennent à une même étude. | ||
| + | |||
| + | FIXME Autres cas à tester ... | ||
| + | |||
| + | \\ | ||
| + | __Structure Projet__ | ||
| + | Au niveau d'Analyste (logiciel de commande du QTrap), il est possible de définir plusieurs projets. Chaque projet ayant une structure bien définie. | ||
| + | Le répertoire source spécifié à eP-Back peut se situer à deux niveaux: | ||
| + | |||
| + | * Au niveau d'un projet. Par conséquent eP-Back recherche sous ce point d'entré un répertoire //Data// contenant les acquisitions. | ||
| + | * <QTrap_Source> | ||
| + | * Data | ||
| + | * MGF | ||
| + | * Au niveau des projets d'Analystes. Dans ce cas eP-Back va proposer la liste de toutes les acquisitions présentes dans tous les projets. Le logiciel recherche dans tous les répertoires du point d'entré un sous répertoire //Data// contenant les acquisitions du projet. | ||
| + | * <QTrap_Source> | ||
| + | * <projet_1> | ||
| + | * Data | ||
| + | * MGF | ||
| + | * <projet_2> | ||
| + | * Data | ||
| + | * MGF | ||
| + | |||
| + | |||
wiki/epims4_0m1/admin/rawdata.1203436906.txt.gz · Last modified: 2008/09/24 15:35 (external edit)
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