wiki:epims4_0m1:admin:configurationepims
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| A ce stade, vous avez créé la base de données ePims et un utilisateur pour se connecter à cette base. Cette base est également accessible en TCP/IP depuis la machine qui sera le serveur d'application Geronimo qui est lui même opérationnel. Enfin, vous disposez d'un serveur FTP configuré pour rendre visible en lecture seule le repository ePims. Il reste maintenant à configurer les différents modules d'ePims avant de les déployer sur le serveur d'application et à configurer eP-Back pour les transferts des données de spectrométrie de masse. | A ce stade, vous avez créé la base de données ePims et un utilisateur pour se connecter à cette base. Cette base est également accessible en TCP/IP depuis la machine qui sera le serveur d'application Geronimo qui est lui même opérationnel. Enfin, vous disposez d'un serveur FTP configuré pour rendre visible en lecture seule le repository ePims. Il reste maintenant à configurer les différents modules d'ePims avant de les déployer sur le serveur d'application et à configurer eP-Back pour les transferts des données de spectrométrie de masse. | ||
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| L'infrastucture ePims s'appuis sur un espace disque où les différentes données (autres que celles enregistrées dans la base de données) sont stockées. L'organisation de cet espace est la suivante : | L'infrastucture ePims s'appuis sur un espace disque où les différentes données (autres que celles enregistrées dans la base de données) sont stockées. L'organisation de cet espace est la suivante : | ||
| - | * <PIMS_ROOT>: racine de l'espace réservé au systeme ePims | + | * <PIMS_ROOT>: racine de l'espace réservé au systeme ePims |
| - | * <PIMS_REPOSITORY_x> : un des répertoires (sous pims_root) contenant les données relatives à l'activité. | + | * <PIMS_REPOSITORY_x> : un des répertoires (sous pims_root) contenant les données relatives à l'activité. |
| - | * <PRG_NOMENCLATURE> : répertoire contenant les données relative au programme de recherche ''PRG_NOMENCLATURE'' | + | * <PRG_NOMENCLATURE> : répertoire contenant les données relative au programme de recherche ''PRG_NOMENCLATURE'' |
| - | * <PROJ1_NOMENCLATURE> : répertoire contenant les données relative au projet scientifique ''PROJ1_NOMENCLATURE'' | + | * <PROJ1_NOMENCLATURE> : répertoire contenant les données relative au projet scientifique ''PROJ1_NOMENCLATURE'' |
| - | * <STD_NOMENCLATURE> : répertoire contenant les données relative à l'étude ''STD_NOMENCLATURE'' | + | * <STD_NOMENCLATURE> : répertoire contenant les données relative à l'étude ''STD_NOMENCLATURE'' |
| - | * **raw** : contient les données brutes générées par les instruments (.raw pour les QTOF par exemple). | + | * **raw** : contient les données brutes générées par les instruments (.raw pour les QTOF par exemple). |
| - | * **spectra** : contient les spectres processés issus des données brutes (.pkl ou prp par exemple) | + | * **spectra** : contient les spectres processés issus des données brutes (.pkl ou prp par exemple) |
| - | * **results** : contient les résultats d'analyses expertisés, dans un format libre | + | * **results** : contient les résultats d'analyses expertisés, dans un format libre |
| - | * **samples** : contient les informations relatives aux échantillons | + | * **samples** : contient les informations relatives aux échantillons |
| - | * **forms**: contient les fiches échantillons fournies pour les échantillons réceptionnés | + | * **forms**: contient les fiches échantillons fournies pour les échantillons réceptionnés |
| - | * **scans** : contient des images de gels d'où sont extraits les échantillons. | + | * **scans** : contient des images de gels d'où sont extraits les échantillons. |
| - | * **annotation** : contient les fichiers permettant d'identifier les différents échantillons extraits d'un gel 2D et de faire correspondre les nomenclatures clients et plate-forme. | + | * **annotation** : contient les fichiers permettant d'identifier les différents échantillons extraits d'un gel 2D et de faire correspondre les nomenclatures clients et plate-forme. |
| - | * **search ** : contient les résultats d'identification bruts tels que produit par le logiciel utilisé. | + | * **search ** : contient les résultats d'identification bruts tels que produit par le logiciel utilisé. |
| - | * **analysis_request** : contient les fiches d'analyses reçues dans le cadre de l'étude | + | * **analysis_request** : contient les fiches d'analyses reçues dans le cadre de l'étude |
| - | * **other** : ... | + | * **other** : ... |
| - | * <PIMS_SYSTEM> : répertoire systeme de ePims dans lequel des fichiers de logs (par exemple) sont enregsitrés. | + | * <PIMS_SYSTEM> : répertoire systeme de ePims dans lequel des fichiers de logs (par exemple) sont enregsitrés. |
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