wiki:epims4_0m1:admin:configurationepims
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wiki:epims4_0m1:admin:configurationepims [2008/05/23 15:27] barthe Changement de toutes les réféférences au dossier ePims en eP-EAR |
wiki:epims4_0m1:admin:configurationepims [2008/10/02 10:21] (current) |
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| + | ===== Repository ePims ===== | ||
| + | L'infrastucture ePims s'appuis sur un espace disque où les différentes données (autres que celles enregistrées dans la base de données) sont stockées. L'organisation de cet espace est la suivante : | ||
| - | + | * <PIMS_ROOT>: racine de l'espace réservé au systeme ePims | |
| - | + | * <PIMS_REPOSITORY_x> : un des répertoires (sous pims_root) contenant les données relatives à l'activité. | |
| - | + | * <PRG_NOMENCLATURE> : répertoire contenant les données relative au programme de recherche ''PRG_NOMENCLATURE'' | |
| - | + | * <PROJ1_NOMENCLATURE> : répertoire contenant les données relative au projet scientifique ''PROJ1_NOMENCLATURE'' | |
| - | + | * <STD_NOMENCLATURE> : répertoire contenant les données relative à l'étude ''STD_NOMENCLATURE'' | |
| - | + | * **raw** : contient les données brutes générées par les instruments (.raw pour les QTOF par exemple). | |
| + | * **spectra** : contient les spectres processés issus des données brutes (.pkl ou prp par exemple) | ||
| + | * **results** : contient les résultats d'analyses expertisés, dans un format libre | ||
| + | * **samples** : contient les informations relatives aux échantillons | ||
| + | * **forms**: contient les fiches échantillons fournies pour les échantillons réceptionnés | ||
| + | * **scans** : contient des images de gels d'où sont extraits les échantillons. | ||
| + | * **annotation** : contient les fichiers permettant d'identifier les différents échantillons extraits d'un gel 2D et de faire correspondre les nomenclatures clients et plate-forme. | ||
| + | * **search ** : contient les résultats d'identification bruts tels que produit par le logiciel utilisé. | ||
| + | * **analysis_request** : contient les fiches d'analyses reçues dans le cadre de l'étude | ||
| + | * **other** : ... | ||
| + | * <PIMS_SYSTEM> : répertoire systeme de ePims dans lequel des fichiers de logs (par exemple) sont enregsitrés. | ||
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| les modules eP-Web et eP-WebServices sont déployés à partir de de l'application d'entreprise ([[http://java.sun.com/j2ee/1.4/docs/tutorial-update6/doc/Overview5.html|EAR]]) eP-EAR.ear. | les modules eP-Web et eP-WebServices sont déployés à partir de de l'application d'entreprise ([[http://java.sun.com/j2ee/1.4/docs/tutorial-update6/doc/Overview5.html|EAR]]) eP-EAR.ear. | ||
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| 4. le login utilisé pour l’authentification auprès du serveur FTP, si FTP_AUTH_DB = false | 4. le login utilisé pour l’authentification auprès du serveur FTP, si FTP_AUTH_DB = false | ||
| - | **2** - Modifier les fichiers sous **ePims/eP-WebServices**. | + | **2** - Modifier les fichiers sous **eP-EAR/eP-WebServices**. |
| * Fichier ''**eP-EAR/eP-WebServices/WEB-INF/**geronimo-web.xml'' : insérer la référence à la datasource ([ds_name]) : | * Fichier ''**eP-EAR/eP-WebServices/WEB-INF/**geronimo-web.xml'' : insérer la référence à la datasource ([ds_name]) : | ||
| Line 290: | Line 302: | ||
| </code> | </code> | ||
| - | **3** - Modifier les fichiers sous **ePims/**. | + | **3** - Modifier les fichiers sous **eP-EAR/**. |
| * Fichier ''**eP-EAR/META-INF/**geronimo-application.xml'' : insérer la référence à la datasource ([ds_name]) : | * Fichier ''**eP-EAR/META-INF/**geronimo-application.xml'' : insérer la référence à la datasource ([ds_name]) : | ||
| <code xml> | <code xml> | ||
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