wiki:epims4_0m1:admin:configurationepims
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wiki:epims4_0m1:admin:configurationepims [2008/05/23 15:07] barthe |
wiki:epims4_0m1:admin:configurationepims [2008/10/02 10:21] (current) |
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|---|---|---|---|
| Line 6: | Line 6: | ||
| + | ===== Repository ePims ===== | ||
| + | L'infrastucture ePims s'appuis sur un espace disque où les différentes données (autres que celles enregistrées dans la base de données) sont stockées. L'organisation de cet espace est la suivante : | ||
| - | + | * <PIMS_ROOT>: racine de l'espace réservé au systeme ePims | |
| - | + | * <PIMS_REPOSITORY_x> : un des répertoires (sous pims_root) contenant les données relatives à l'activité. | |
| - | + | * <PRG_NOMENCLATURE> : répertoire contenant les données relative au programme de recherche ''PRG_NOMENCLATURE'' | |
| - | + | * <PROJ1_NOMENCLATURE> : répertoire contenant les données relative au projet scientifique ''PROJ1_NOMENCLATURE'' | |
| - | + | * <STD_NOMENCLATURE> : répertoire contenant les données relative à l'étude ''STD_NOMENCLATURE'' | |
| - | + | * **raw** : contient les données brutes générées par les instruments (.raw pour les QTOF par exemple). | |
| + | * **spectra** : contient les spectres processés issus des données brutes (.pkl ou prp par exemple) | ||
| + | * **results** : contient les résultats d'analyses expertisés, dans un format libre | ||
| + | * **samples** : contient les informations relatives aux échantillons | ||
| + | * **forms**: contient les fiches échantillons fournies pour les échantillons réceptionnés | ||
| + | * **scans** : contient des images de gels d'où sont extraits les échantillons. | ||
| + | * **annotation** : contient les fichiers permettant d'identifier les différents échantillons extraits d'un gel 2D et de faire correspondre les nomenclatures clients et plate-forme. | ||
| + | * **search ** : contient les résultats d'identification bruts tels que produit par le logiciel utilisé. | ||
| + | * **analysis_request** : contient les fiches d'analyses reçues dans le cadre de l'étude | ||
| + | * **other** : ... | ||
| + | * <PIMS_SYSTEM> : répertoire systeme de ePims dans lequel des fichiers de logs (par exemple) sont enregsitrés. | ||
| Line 115: | Line 126: | ||
| :!: **Remarque** : | :!: **Remarque** : | ||
| Actuellement eP-Back n'utilise pas le eP-Core de Geronimo, par conséquent il devra redéfinir ces propriétés dans un fichier spécifique. | Actuellement eP-Back n'utilise pas le eP-Core de Geronimo, par conséquent il devra redéfinir ces propriétés dans un fichier spécifique. | ||
| + | |||
| Line 127: | Line 139: | ||
| :!: **Remarque** : Si eP-Core.jar doit être redéployé (si erreur lors de la configuration ou autres) il ne sert à rien de repasser par la console Geronimo. Car celui-ci ne remplacera pas le fichier si la version est la même. Il faut donc : | :!: **Remarque** : Si eP-Core.jar doit être redéployé (si erreur lors de la configuration ou autres) il ne sert à rien de repasser par la console Geronimo. Car celui-ci ne remplacera pas le fichier si la version est la même. Il faut donc : | ||
| - arrêter le serveur | - arrêter le serveur | ||
| - | - se rendre dans dossier de la librairie : [GERONIMO_HOME]/repository/lib/eP-Core/[N°_VERSION]/ | + | - se rendre dans le dossier de la librairie : [GERONIMO_HOME]/repository/lib/eP-Core/<version> |
| - remplacer l'ancien fichier **eP-Core.jar** par le nouveau | - remplacer l'ancien fichier **eP-Core.jar** par le nouveau | ||
| - redémarrer le serveur | - redémarrer le serveur | ||
| La nouvelle configuration devrait être pris en compte. | La nouvelle configuration devrait être pris en compte. | ||
| + | |||
| Line 138: | Line 151: | ||
| ===== eP-Web & eP-WebServices ===== | ===== eP-Web & eP-WebServices ===== | ||
| - | les modules eP-Web et eP-WebServices sont déployés à partir de de l'application d'entreprise ([[http://java.sun.com/j2ee/1.4/docs/tutorial-update6/doc/Overview5.html|EAR]]) ePims.ear. | + | les modules eP-Web et eP-WebServices sont déployés à partir de de l'application d'entreprise ([[http://java.sun.com/j2ee/1.4/docs/tutorial-update6/doc/Overview5.html|EAR]]) eP-EAR.ear. |
| + | |||
| + | |||
| Line 168: | Line 184: | ||
| * Renseigner les paramètres concernant la datasource : | * Renseigner les paramètres concernant la datasource : | ||
| * Nom du Drive : ''org.postgresql.Driver'' | * Nom du Drive : ''org.postgresql.Driver'' | ||
| - | * Driver JAR : sélectionner ''lib/postgresql/8.1.407.jdbc3/jar'' : valeurs qui doivent correspondre à celles saisies lors de la configuration de [[Configuration#Apache Geronimo]] ... Sinon vous pouvez toujours rechercher le .jar en cliquant sur "Download a Driver". | + | * Driver JAR : sélectionner ''postgresql/postgresql-8.1/407.jdbc3/jar'' : valeurs qui doivent correspondre à celles saisies lors de la configuration de [[Configuration#Apache Geronimo]] ... Sinon vous pouvez toujours rechercher le .jar en cliquant sur "Download a Driver". |
| * DB User Name: ''[pims_db_user]'' | * DB User Name: ''[pims_db_user]'' | ||
| * DB Password : ''[pims_user_password]'' | * DB Password : ''[pims_user_password]'' | ||
| Line 197: | Line 213: | ||
| * Créer le Realm en cliquant sur ''Skip Test and Deploy''. Remarque: de même que pour la dataSource, il est possible d'éditer le fichier de configuration avant la création, ou plus tard en utilisant depuis la console administrateur Security/Security Realms | * Créer le Realm en cliquant sur ''Skip Test and Deploy''. Remarque: de même que pour la dataSource, il est possible d'éditer le fichier de configuration avant la création, ou plus tard en utilisant depuis la console administrateur Security/Security Realms | ||
| - | === Configuration d'ePims === | + | === Configuration d'eP-Web et d'eP-Webservices === |
| Il existe un certain nombre de fichiers de configuration à modifier en fonction de son environnement et des identifiants utilisés lors de la configuration de Geronimo. La configuration se fait en plusieurs étapes | Il existe un certain nombre de fichiers de configuration à modifier en fonction de son environnement et des identifiants utilisés lors de la configuration de Geronimo. La configuration se fait en plusieurs étapes | ||
| - | **1** - Modifier les fichiers sous **ePims/eP-Web**. | + | **1** - Modifier les fichiers sous **eP-EAR/eP-Web**. |
| - | * Fichier ''**ePims/eP-Web/WEB-INF/**geronimo-web.xml'' : insérer la référence à la datasource ([ds_name]) et au realm ([realm_name]) : | + | * Fichier ''**eP-EAR/eP-Web/WEB-INF/**geronimo-web.xml'' : insérer la référence à la datasource ([ds_name]) et au realm ([realm_name]) : |
| <code xml> | <code xml> | ||
| <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> | <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> | ||
| - | <web-app xmlns="http://geronimo.apache.org/xml/ns/j2ee/web-1.1" | + | <web-app xmlns="http://geronimo.apache.org/xml/ns/j2ee/web-1.1" |
| - | xmlns:sys="http://geronimo.apache.org/xml/ns/deployment-1.1" | + | xmlns:sys="http://geronimo.apache.org/xml/ns/deployment-1.1" |
| - | xmlns:naming="http://geronimo.apache.org/xml/ns/naming-1.1" | + | xmlns:naming="http://geronimo.apache.org/xml/ns/naming-1.1" |
| - | xmlns:sec="http://geronimo.apache.org/xml/ns/security-1.1"> | + | xmlns:sec="http://geronimo.apache.org/xml/ns/security-1.1"> |
| - | <environment> | + | <sys:environment> |
| - | <moduleId> | + | <sys:moduleId> |
| - | <artifactId>ePims</artifactId> | + | <sys:artifactId>ePims</sys:artifactId> |
| - | </moduleId> | + | </sys:moduleId> |
| - | </environment> | + | <sys:dependencies> |
| - | + | ... | |
| - | <context-root>/ePims</context-root> | + | </sys:dependencies> |
| - | + | </sys:environment> | |
| - | <resource-ref> | + | |
| - | <ref-name>jdbc/epims</ref-name> | + | |
| - | <resource-link>[ds_name]</resource-link> | + | |
| - | </resource-ref> | + | |
| - | <security-realm-name>[realm_name]</security-realm-name> | + | <context-root>/ePims</context-root> |
| + | <naming:resource-ref> | ||
| + | <naming:ref-name>jdbc/epims</naming:ref-name> | ||
| + | <naming:resource-link>[ds_name]</naming:resource-link> <==== data source | ||
| + | </naming:resource-ref> | ||
| + | <security-realm-name>[realm_name]</security-realm-name> <==== realm | ||
| </web-app> | </web-app> | ||
| </code> | </code> | ||
| - | * Fichier ''**ePims/eP-Web/jnlp/**epplate.jnlp'' : Configuration de l'application de gestion des plaques robot. Il faut donner **l'adresse du serveur** de geronimo où sera installé ePims, afin que l'application qui sera exécuté sur les poste client sache où se connecter. Pour cette configuration il faut éditer le fichier epplate.jnlp, pour ce faire faites "clique droit" sur le fichier epplate.jnlp -> "Ouvrir avec" -> "Choisir programme" -> sélectionner dans la liste de programme un éditeur de texte (exemples : //Notepad//, //Wordpad//). Modifier dans le fichier la ligne **[Server_address]** et la remplacer par l'adresse du serveur d'installation de geronimo. **/!\ Ne pas oublier le port**, voir l'installation du serveur geronimo pour le connaitre (exemple : //<nowiki>http://edyp-epims:8008</nowiki>//) : | + | * Fichier ''**eP-EAR/eP-Web/jnlp/**epplate.jnlp'' : Configuration de l'application de gestion des plaques robot. Il faut donner **l'adresse du serveur** de geronimo où sera installé ePims, afin que l'application qui sera exécuté sur les poste client sache où se connecter. Pour cette configuration il faut éditer le fichier epplate.jnlp, pour ce faire faites "clique droit" sur le fichier epplate.jnlp -> "Ouvrir avec" -> "Choisir programme" -> sélectionner dans la liste de programme un éditeur de texte (exemples : //Notepad//, //Wordpad//). Modifier dans le fichier la ligne **[Server_address]** et la remplacer par l'adresse du serveur d'installation de geronimo. **/!\ Ne pas oublier le port**, voir l'installation du serveur geronimo pour le connaitre (exemple : //<nowiki>http://edyp-epims:8008</nowiki>//) : |
| <code xml> | <code xml> | ||
| <?xml version="1.0" encoding="utf-8"?> | <?xml version="1.0" encoding="utf-8"?> | ||
| Line 247: | Line 265: | ||
| </jnlp> | </jnlp> | ||
| </code> | </code> | ||
| - | * Fichier ''**ePims/eP-Web/WEB-INF/classes/**eP-Web.properties'' : Configuration du serveur FTP. Si le serveur FTP choisi permet l'authentification via la BD de ePims, seules les propriétés 1 et 2 sont nécessaires, **FTP_AUTH_DB** devant être mis à ''true''. Dans le cas contraire, il faut mettre **FTP_AUTH_DB** à ''false'' et spécifier un login / password valide pour l'utilisateur servant à la connection FTP (propriété 3 et 4) | + | |
| + | * Fichier ''**eP-EAR/eP-Web/WEB-INF/classes/**eP-Web.properties'' : Configuration du serveur FTP. Si le serveur FTP choisi permet l'authentification via la BD de ePims, seules les propriétés 1 et 2 sont nécessaires, **FTP_AUTH_DB** devant être mis à ''true''. Dans le cas contraire, il faut mettre **FTP_AUTH_DB** à ''false'' et spécifier un login / password valide pour l'utilisateur servant à la connection FTP (propriété 3 et 4) | ||
| <code> | <code> | ||
| FTP_HOST= ftpServ 1. | FTP_HOST= ftpServ 1. | ||
| Line 259: | Line 278: | ||
| 4. le login utilisé pour l’authentification auprès du serveur FTP, si FTP_AUTH_DB = false | 4. le login utilisé pour l’authentification auprès du serveur FTP, si FTP_AUTH_DB = false | ||
| - | **2** - Modifier les fichiers sous **ePims/eP-WebServices**. | + | **2** - Modifier les fichiers sous **eP-EAR/eP-WebServices**. |
| - | * Fichier ''**ePims/eP-WebServices/WEB-INF/**geronimo-web.xml'' : insérer la référence à la datasource ([ds_name]) : | + | * Fichier ''**eP-EAR/eP-WebServices/WEB-INF/**geronimo-web.xml'' : insérer la référence à la datasource ([ds_name]) : |
| <code xml> | <code xml> | ||
| <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> | <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> | ||
| - | <web-app xmlns="http://geronimo.apache.org/xml/ns/j2ee/web-1.1" | + | <web-app xmlns="http://geronimo.apache.org/xml/ns/j2ee/web-1.1" |
| - | xmlns:sys="http://geronimo.apache.org/xml/ns/deployment-1.1" | + | xmlns:sys="http://geronimo.apache.org/xml/ns/deployment-1.1" |
| - | xmlns:naming="http://geronimo.apache.org/xml/ns/naming-1.1" | + | xmlns:naming="http://geronimo.apache.org/xml/ns/naming-1.1" |
| - | xmlns:sec="http://geronimo.apache.org/xml/ns/security-1.1"> | + | xmlns:sec="http://geronimo.apache.org/xml/ns/security-1.1"> |
| - | <environment> | + | <sys:environment> |
| - | <moduleId> | + | <sys:moduleId> |
| - | <artifactId>ePims</artifactId> | + | <sys:artifactId>eP-WS</sys:artifactId> |
| - | </moduleId> | + | </sys:moduleId> |
| - | </environment> | + | </sys:environment> |
| - | <context-root>/ePims</context-root> | + | <context-root>/eP-WS</context-root> |
| - | <resource-ref> | + | <naming:resource-ref> |
| - | <ref-name>jdbc/epims</ref-name> | + | <naming:ref-name>jdbc/epims</naming:ref-name> |
| - | <resource-link>[ds_name]</resource-link> | + | <naming:resource-link>[ds_name]</naming:resource-link> <====== data source |
| - | </resource-ref> | + | </naming:resource-ref> |
| </web-app> | </web-app> | ||
| </code> | </code> | ||
| - | **3** - Modifier les fichiers sous **ePims/**. | + | **3** - Modifier les fichiers sous **eP-EAR/**. |
| - | * Fichier ''**ePims/META-INF/**geronimo-application.xml'' : insérer la référence à la datasource ([ds_name]) et au realm ([realm_name]) : | + | * Fichier ''**eP-EAR/META-INF/**geronimo-application.xml'' : insérer la référence à la datasource ([ds_name]) : |
| <code xml> | <code xml> | ||
| - | <application...> | + | <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> |
| - | <sys:environment> | + | <application xmlns="http://geronimo.apache.org/xml/ns/j2ee/application-1.1" |
| - | ... | + | xmlns:sys="http://geronimo.apache.org/xml/ns/deployment-1.1" |
| - | <sys:dependencies> | + | xmlns:sec="http://geronimo.apache.org/xml/ns/security-1.1"> |
| - | ... | + | <sys:environment> |
| - | <sys:dependency> | + | <sys:moduleId> |
| - | <sys:groupId>console.dbpool</sys:groupId> | + | <sys:groupId>default</sys:groupId> |
| - | <sys:artifactId>[ds_name]</sys:artifactId> | + | <sys:artifactId>ePims</sys:artifactId> |
| - | </sys:dependency> | + | <sys:version>1.0</sys:version> |
| - | </sys:dependencies> | + | <sys:type>car</sys:type> |
| - | ... | + | </sys:moduleId> |
| - | </sys:environment> | + | <sys:dependencies> |
| - | + | <sys:dependency> | |
| - | <!-- SECURITY --> | + | <sys:groupId>lib</sys:groupId> |
| - | <sec:security> | + | <sys:artifactId>eP-Core</sys:artifactId> |
| - | <sec:default-principal realm-name="[realm_name]"> | + | <sys:version>3.4.1</sys:version> |
| - | <sec:principal name="anonymous" | + | <sys:type>jar</sys:type> |
| - | class="org.apache.geronimo.security.realm.providers.GeronimoUserPrincipal" /> | + | </sys:dependency> |
| - | </sec:default-principal> | + | <sys:dependency> |
| - | <sec:role-mappings> | + | <sys:groupId>console.dbpool</sys:groupId> |
| - | <sec:role role-name="admin"> | + | <sys:artifactId>[ds_name]</sys:artifactId> <===== data source |
| - | <sec:realm realm-name="[realm_name]"> | + | </sys:dependency> |
| - | <sec:principal | + | </sys:dependencies> |
| - | class="org.apache.geronimo.security.realm.providers.GeronimoGroupPrincipal" | + | .... |
| - | name="admin" /> | + | </sys:environment> |
| - | </sec:realm> | + | .... |
| - | </sec:role> | + | </application> |
| - | <sec:role role-name="user"> | + | |
| - | <sec:realm realm-name="[realm_name]"> | + | |
| - | <sec:principal | + | |
| - | class="org.apache.geronimo.security.realm.providers.GeronimoGroupPrincipal" | + | |
| - | name="user" /> | + | |
| - | </sec:realm> | + | |
| - | </sec:role> | + | |
| - | </sec:role-mappings> | + | |
| - | </sec:security> | + | |
| - | </application> | + | |
| </code> | </code> | ||
| - | **4** Exécuter ''**ePims/eP-Web/**updateWar-Web.bat'' sous Windows ou ''**ePims/eP-Web/**updateWar-Web.sh'' sous Linux. Le fichier ''**ePims/eP-Web/**eP-Web.war'' sera remplacé par une version contenant les fichiers de configuration modifiés. Il est nécessaire que la variable d'environnement JAVA_HOME soit positionnée. | + | **4** Exécuter ''**eP-EAR/eP-Web/**updateWar-Web.bat'' sous Windows ou ''**eP-EAR/eP-Web/**updateWar-Web.sh'' sous Linux. Le fichier ''**eP-EAR/eP-Web/**eP-Web.war'' sera remplacé par une version contenant les fichiers de configuration modifiés. Il est nécessaire que la variable d'environnement JAVA_HOME soit positionnée. |
| - | **5** Copier le fichier ''**ePims/eP-Web/**eP-Web.war'' sous ePims | + | **5** Copier le fichier ''**eP-EAR/eP-Web/**eP-Web.war'' sous ePims |
| - | **6** Exécuter ''**ePims/eP-WebServices/**updateWar-WS.bat'' sous Windows ou ''**ePims/eP-WebServices/**updateWar-WS.sh'' sous Linux. Le fichier ''**ePims/eP-WebServices/**eP-WebServices.war'' sera remplacé par une version contenant les fichiers de configuration modifiés. Il est nécessaire que la variable d'environnement JAVA_HOME soit positionnée. | + | **6** Exécuter ''**eP-EAR/eP-WebServices/**updateWar-WS.bat'' sous Windows ou ''**eP-EAR/eP-WebServices/**updateWar-WS.sh'' sous Linux. Le fichier ''**eP-EAR/eP-WebServices/**eP-WebServices.war'' sera remplacé par une version contenant les fichiers de configuration modifiés. Il est nécessaire que la variable d'environnement JAVA_HOME soit positionnée. |
| - | **7** Copier le fichier ''**ePims/eP-WebServices/**eP-WebServices.war'' sous ePims | + | **7** Copier le fichier ''**eP-EAR/eP-WebServices/**eP-WebServices.war'' sous ePims |
| - | **8** Exécuter **ePims/**updateEar-ePims.bat sous Windows ou **ePims/**updateEar-ePims.sh sous Linux. Le fichier ''**ePims/**ePims.ear'' sera remplacé par les nouvelles versions d'eP-Web, eP-WebServices et par les nouveaux fichiers de configuration. | + | **8** Exécuter **eP-EAR/**updateEar-ePims.bat sous Windows ou **eP-EAR/**updateEar-ePims.sh sous Linux. Le fichier ''**eP-EAR/**ePims.ear'' sera remplacé par les nouvelles versions d'eP-Web, eP-WebServices et par les nouveaux fichiers de configuration. |
| ==== Déploiement d'ePims ==== | ==== Déploiement d'ePims ==== | ||
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