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-====== Migration péréiphérique ======
+====== Migration périphérique ======
 ===== Migration d'une base existante =====
 De manière générale, si vous utilisiez déjà Pims dans une version précédente, il est souvent nécessaire de migrer les données. Pour cela
-  - Connectez-vous à la BD PimsDB, avec PgAdmin par exemple, en utilisant le user pims_db_user
+  - Connectez-vous à la BD PimsDB, avec PgAdmin par exemple, en utilisant le user pims_db_user (cf. chapitre [[configuration#creation_de_l_utilisateur_epims|Config postgresql]])
-  - Exécuter un ou plusieurs fichiers de migration (voir ci-dessous) de la même façon que l'on exécute ePimsModel.sql (cf le chapitre [[.:configuration#postgresql]] ).
+  - Exécuter un ou plusieurs fichiers de migration (voir ci-dessous) de la même façon que l'on exécute ePimsModel.sql (cf chapitre [[.:configuration#postgresql]] ).
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 \\
 Pour les versions précédentes de la BD dans lesquelles il n'y avait pas de numéro de version enregistré, la correspondance entre les versions ePims et les scripts sont
-  * ePims version 2.x ==> BD version 0, vous devez exécuter les scripts à partir de Data_migration-1.sql
+  * ePims version 2.x => BD version 0, vous devez exécuter les scripts à partir de Data_migration-1.sql
-  * ePims version 3.3 ==> BD version 1, vous devez exécuter les scripts à partir de Data_migration-2.sql
+  * ePims version 3.3 => BD version 1, vous devez exécuter les scripts à partir de Data_migration-2.sql
 ==== Pour le passage en version 6 de la BD ====
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     * supprime la colonne result d'acquisition ( remplacé par FileLink ...)
     * supprime la colonne file_type d'attached_fie (remplacé par le lien avec Tag)
+===== Migration d'un répertoire racine d'ePims =====
+Pour la version 4.0 (à partir de la 4.0RC1) le répertoire de données d'ePims à subit une modification dans sa structure (par exemple les fichiers de données de spectroscopie ne sont plus contenu dans les dossier //[étude]/raw// mais dans //[étude]/samples/data/RAW//).
+Afin de faire migrer le répertoire dans la bonne structure un programme a été créé : ePimsRoot-pre4.0-migration.jar .
+==== Utilisation d'ePimsRoot-pre4.0-migration.jar ====
+=== Requis ===
+Ce programme s'utilise en ligne de commande (shell sous UNIX ou "Démarrer => Exécuter => cmd" sous Windows).
+Il nécessite d'avoir **Java 1.5** d'installé sur la machine qui va l'exécuter.
+=== Utilisation normal ===
+<code>java -jar ePimsRoot-pre4.0-migration.jar -pimsroot [chemin vers le répertoire ePims] -v</code>
+Un fichier de logs sera créé automatiquement dans le dossier où s'exécute le programme, son nom étant //ePimsRoot-pre4.0-migration.log//.
+**Nota :** Sous LINUX il faut faire attention à l'utilisateur qui exécute le programme. Il doit être le même que l'utilisateur auquel sera identifié ePims pour gérer son dossier source (ou ce dernier doit avoir des droits supérieur).
+=== Utilisation particulière ===
+== Liste des dossiers utilisés ==
+Pour fonctionner ce programme doit avoir la liste des noms de répertoires utilisés pour l'organisation **actuelle** du répertoire racines d'ePims. Cette liste est celle définie dans le fichier eP-Core.properties lors de l'installation d'ePims. Par défaut il utilise les valeurs suivantes :
+<code>PIMS_REPOSITORY_1=a
+PIMS_REPOSITORY_2=b
+PIMS_REPOSITORY_3=c
+PIMS_REPOSITORY_4=d
+PIMS_REPOSITORY_5=e
+STUDY_RAW_DIR=raw
+STUDY_SPECTRA_DIR=spectra
+STUDY_RESULTS_DIR=results
+STUDY_SAMPLES_DIR=samples
+STUDY_SEARCH_DIR=search
+STUDY_ANALYSIS_REQUEST_DIR=analysis_request
+STUDY_OTHER_DIR=others
+STUDY_CARDS_DIR=forms
+STUDY_SCANS_DIR=scans
+STUDY_ANNOTATIONS_DIR=annotation
+</code>
+Si ces valeurs ne correspondent pas à votre installation d'ePims vous devez spécifier au programme d'autre valeurs. Pour ce faire il faut créer un fichier texte contenant les propriétés qui changent par rapport aux valeurs par défaut. Par exemple :
+<code>
+PIMS_REPOSITORY_1=repo1
+PIMS_REPOSITORY_2=repo2
+STUDY_SPECTRA_DIR=mgf
+</code>
+(**Nota, cas spécial pour les repository** : redéfinir un PIMS_REPOSITORY annule toute les valeurs des autres repository par défaut. Dans l'exemple précédent le programme ira chercher les repository dans les dossier repo1/, repo2/ mais pas dans c/ d/ e/ même si PIMS_REPOSITORY_3 4 et 5 n'ont pas été redéfinis).
+== Spécifier les nouvelles valeurs au programme ==
+Il faut utiliser l'argument **-properties** suivi du chemin d'accès au fichier que vous avez écrit. \\
+Exemple :
+<code>java -jar ePimsRoot-pre4.0-migration.jar -pimsroot [chemin vers le répertoire ePims] -v -properties /temp/properties_file.txt</code>
+:!: Les propriétés UNDEF_DIR_NAME, PIMS_SHARE, PIMS_SYSTEM, PIMS_ARCHIVE, PIMS_ARCHIVE_FILE ne sont pas utilisées par le programme de migration. Si vous les incluez dans le fichier listant les nouvelles valeurs, le programme affichera une erreur : **ERROR in given properties file. Element [propriété] isn't recognize as a valid property.**. Si [propriété] est une de celle non utilisée, ne vous inquiétez pas, cela ne posera pas de problème pour la migration.
+=== Arguments ===
+//java -jar pimsRoot-pre4.0-migration.jar -pimsroot dir [-v] [-noLogFile] [-properties file]//
+  * **-h, <nowiki>--</nowiki>help**
+    * Affiche les infos sur les arguments et les valeurs par défaut utilisées par le programme.
+  * **-pimsroot //dir//**
+    * Pour donner le chemin et le nom du dossier source d'ePims.
+  * **-v, <nowiki>--</nowiki>verbose**
+    * Pour afficher les logs dans la console
+  * **-noLogFile**
+    * Pour empécher le programme de créer un fichier de logs. **__ATTENTION__** Si vous utilisez ce paramètre vous n'aurez pas de trace de ce que le programme fera et des éventuelles erreurs (sauf dans la console si vous avez utilisé l'argument -v mais la console à généralement une taille définie qui ne vous permettras peut-être pas de remonter tout les logs).
+  * **-properties //file//**
+    * Pour définir un fichier listant les nouvelles propriétés à utiliser par le programme.
+    * Le fichier doit être de la forme :
+	<code>
+PROPERTY1=VALUE1
+PROPERTY2=VALUE2
+etc...</code>

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