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| - | ====== Format de données des spectrométres ====== | + | ====== Formatage de données des spectrométres ====== |
| - | eP-Back se charge de transférer les résultats d'acquisition dans le repository d'ePims. Pour se faire, eP-Back liste les fichiers d'acquisition qui se trouvent sur le disque de l'instrument (voir [[configurationePims#eP-Back]]) et pour chaque fichier, tente de déterminer les informations suivantes : | + | eP-Back se charge de transférer les fichier résultats d'acquisition dans le repository d'ePims et enregistre dans le système les acquisitions. Pour se faire, eP-Back liste les acquisitions qui se trouvent sur les fichiers résultats sur le disque de l'instrument (voir [[configurationePims#eP-Back]]) et pour chaque acquisition, tente de déterminer les informations suivantes : |
| - | + | * :!: **Le nom de l'acquisition** : le résultat de l'analyse sur l'instrument d'un unique échantillon. Ce nom est unique pour chaque instrument. Si on génère un fichier pour chaque acquisition, alors le nom du fichier peut être utilisé comme nom d'acquisition. | |
| - | * **Nom de l'acquisition** | + | * :!: **Le nom ePims de l'échantillon** qui a été analysé. |
| - | * **Le nom de l'étude ePims** à laquelle cette analyse se rattache | + | * **Le nom de l'opérateur** qui a réalisé l'analyse sur l'instrument. Ce nom doit correspondre au login utilisé dans ePims. |
| - | * **Le nom ePims de l'échantillon** qui a été analysé | + | |
| - | * **Le nom du responsable** de l'échantillon (celui auquel l'échantillon appartient) | + | |
| - | * **Le nom de l'opérateur** qui a réalisé l'analyse sur l'instrument | + | |
| * **La date** de l'acquisition | * **La date** de l'acquisition | ||
| * **La durée** de l'acquisition | * **La durée** de l'acquisition | ||
| - | * **La taille** du fichier d'acquisition | + | * **La description** de l'acquisition |
| - | + | * **Le type** de l'acquisition : Peut être soit un controle (LC ou Instrument) soit un blanc soit une recherche | |
| - | Si certaines de ces informations sont enregistrée par défaut, d'autres doivent être saisies par l'opérateur de l'instrument dans certains champs de la sample-liste de sorte qu'elles apparaissent dans le fichier d'acquisition au moment où celui-ci est généré par l'instrument. Les champs utilisés étant spécifiques du type d'instrument, les paragraphes suivants décrivent les informations saisies et l'endroit où elles doivent être saisies et ce pour chaque type d'instrument supporté par ePims. | + | * :!: **Le fichier résultat d'acquisition** associé, |
| - | + | * **La taille** du fichier résultat d'acquisition | |
| - | + | * **les fichiers associés** c'est-à-dire les spectres processés. | |
| - | + | ||
| - | + | ||
| - | ===== Waters ===== | + | |
| - | + | ||
| - | Cette configuration a été testée pour : | + | |
| - | * QToF | + | |
| - | * QToF Ultima | + | |
| - | + | ||
| - | Dans la sample-list de l'instrument, utiliser les colonnes suivantes (au besoin faire apparaitre ces colonnes dans l'affichage via le menu ''Customize Display'' en cliquant bouton droit dans la sample-list): | + | |
| - | * :!: **File Name** contient le nom de l'analyse (ce nom sera également celui du fichier généré par MassLynx) | + | |
| - | * :!: **Task Code** contient le nom de l'étude ePims | + | |
| - | * :!: **Job Code** contient le nom de l'échantillon ePims | + | |
| - | * **User** contient le nom de l'opérateur de l'instrument | + | |
| - | * **Submitter** contient le nom de la personne responsable de l'échantillon ePims | + | |
| - | * **Sample Description** contient la description de l'échantillon (cette information est uniquement affichée par eP-Back) | + | |
| + | Les informations précédée de :!: sont absolument requise pour que eP-Back puisse transférer les données. Si eP-Back ne parvient pas à les retrouver, vous devrez les rentrer manuellement pour chaque analyse dans l'interface utilisateur d'eP-Back (voir [[..:user:ePBack]]). | ||
| + | === Type de l'acquisition === | ||
| - | ===== Thermo ===== | + | Pour qu'eP-Back puisse déterminer automatiquement le type de l'acquisition, le nom de l'échantillon ePims peut contenir des valeurs clés : |
| + | - blanc : acquisition d'un blanc, | ||
| + | - controleLC : acquisition destinée à contrôler le bon fonctionnement de la chromatographie | ||
| + | - controleInst : acquisition destinée à contrôler le bon fonctionnement de l'instrument | ||
| + | - test : acquisition de test, sans intérêt particulier. | ||
| - | Cette configuration a été testée pour | + | === Sample list === |
| - | * LTQ | + | Si certaines de ces informations sont retrouvées automatiquement d'autres doivent être saisies par l'opérateur de l'instrument dans certains champs de la //sample-liste// de sorte qu'elles apparaissent dans le fichier résultat d'acquisition au moment où celui-ci est généré par l'instrument. Les champs utilisés dans la //sample-list// étant spécifiques à chaque instrument, les paragraphes suivants décrivent ce que doivent contenir les sample-list des instruments supportés par ePims pour qu'eP-Back puisse retrouver automatiquement ces informations. |
| - | * LTQ-FT | + | |
| - | * OrbiTrap | + | |
| - | Dans la sample-list de l'instrument, utiliser les colonnes suivantes (au besoin faire apparaitre ces colonnes dans l'affichage via le menu ''Change -> Column Arrangement'' de la page Sequence Setup) | ||
| - | * :!: **File Name** contient le nom de l'analyse (ce nom sera également celui du fichier généré par XCalibur) | ||
| - | * :!: **Sample Name** contient le nom de l'échantillon ePims | ||
| - | Il faut également ajouter des colonnes supplémentaires dans la sample-list d'XCalibur via l'icone ''User Labels'' de la page Sequence Setup. Les colonnes à ajouter sont (ATTENTION : bien respecter l'ordre dans lequel ces colonnes sont ajoutées) : | ||
| - | - dans ''Heading 1'' : **Study** | ||
| - | - dans ''Heading 2'' : **Operator** | ||
| - | - dans ''Heading 3'' : **Submitter** | ||
| - | Ces colonnes contriendrons les informations suivantes : | + | Ces informations ont un impact sur le statut associé aux acquisitions, voir la [[..:user:epbackvisualisation#les_informations | documentation d'eP-Back]] |
| - | * :!: **Study** contient le nom de l'étude ePims | + | |
| - | * **Operator** contient le nom de l'opérateur de l'instrument | + | |
| - | * **Submitter** contient le nom de la personne responsable de l'échantillon ePims | + | |
| - | ===== Applied Biosystems ===== | + | Les constructeurs supportés sont : |
| + | * [[.:rawdata_waters]] | ||
| + | * [[.:rawdata_thermo]] | ||
| + | * [[.:rawdata_applied]] | ||
| - | Cette configuration a été testée pour | ||
| - | * QTrap 4000 | ||
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