Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- wiki:epims4_0:admin:configurationepims [2009/01/08 18:01]
132.168.73.9
+++ wiki:epims4_0:admin:configurationepims [2011/04/18 15:56] (current)
132.168.72.130
@@ Line 95: / Line 95: @@
 __Remarque__ : Si lors de l'étape de la configuration du serveur Geronimo ([[.:configuration#apache_geronimo_2.0]]) la version de la librairie postgresql n'était pas identique, il faut également modifier la partie dépendance pour postgresql dans ce fichier (deploy_ds.xml)
-=== Modifier les scripts ===
-Modifier les fichiers install_ePims ou redeploy_ePims ( *.bat pour Windows ou *.sh pour Linux) sous **eP-EAR/**.
-Renseigner les informations de connexion au serveur Geronimo en indiquant respectivement le chemin vers le répertoire d'installation de Geronimo, le login et le password de connexion (en tant qu'administrateur) pour les variables GERONIMO_HOME_DIR, GERONIMO_LOGIN et GERONIMO_PASSWORD.
 ====  Configuration d'eP-Web  ====
@@ Line 149: / Line 141: @@
 . l'adresse mail du web master devant être contacter en cas de problème \\
-====  Configuration d'eP-Admin ====
-Définition des propriétés spécifiques à eP-Admin:
-  * Fichier ''**eP-EAR/eP-Admin/WEB-INF/classes/cea/edyp/epims/admin/client/util/**EPimsAdmin.properties'' : Configuration des propriétés spécifique à eP-Admin
-<code>
-login.pb.mail= adresse mail      1.
-</code>
-. l'adresse mail de la personne à contacter en cas de problème de connexion\\
 ==== Déploiement d'ePims ====
-Pour cette étape il faut que votre serveur Geronimo soit **démarré**.
+=== Modifier les scripts ===
+Modifier les fichiers **install_ePims** ou **redeploy_ePims** ( *.bat pour Windows ou *.sh pour Linux) sous **eP-EAR/**.
+Renseigner les informations de connexion au serveur Geronimo en indiquant respectivement le chemin vers le répertoire d'installation de Geronimo, le login et le password de connexion (en tant qu'administrateur) pour les variables **GERONIMO_HOME_DIR**, **GERONIMO_LOGIN** et **GERONIMO_PASSWORD**.
+=== Lancer le déploiement ===
+Pour cette étape il faut que votre **serveur Geronimo soit démarré**.
 **__Pour une 1ere installation__** \\
@@ Line 173: / Line 165: @@
 Le script de //mise à jour// fait la même chose que le script d'installation sauf concernant les ressources puisque celles-ci sont déjà configurées dans Geronimo.\\
 Seules les nouvelles ressources ou celles nécessitant d'être modifiées sont mise à jour.
+:!:**__En cas d'erreur lors du déploiement__**\\
+Il se peut qu'il y ait une ou des erreurs lors du déploiement de l'application (problème de version postgresql, de mot de passe, de configuration des applications, etc...). Dans ce cas la commande de déploiement de Geronimo peut avoir laisser des traces qui vont générer des erreurs dans les tentatives d'installation/mise à jour suivantes.
+Vérifier que les dossiers suivants, si ils existent, ne sont pas vide :
+  * [GERONIMO_HOME]\repository\console\dbpool\epims_ds\1.0\epims_ds-1.0.rar
+  * [GERONIMO_HOME]\repository\console\jms\epims_jms\1.0\epims_jms-1.0.rar
+  * [GERONIMO_HOME]\repository\default\ePims\1.0\ePims-1.0.car
+Si l'un de ces dossiers existe **ET** est vide il faut le supprimer. C'est un artéfact de la tentative d'installation précédente.
@@ Line 210: / Line 211: @@
 epims.root: path complet au Pims root où eP-Back transfert les données.
-  * Fichier ''./conf/instruments.xml'' : Configuration des instruments. Seuls les instruments connus d'ePims (et donc référencés dans la base de données ePims) pourront être reconnus par eP-Back. De plus le [[RawData|format de données spécifique au modèle de l'instrument]] doit être supporté par eP-Back. Le fichier de configuration pour les instruments est de la forme :
+  * Fichier ''./conf/instruments.xml'' : Configuration des instruments. Seuls les instruments connus d'ePims (et donc référencés dans la base de données ePims) pourront être reconnus par eP-Back. Le fichier de configuration pour les instruments est de la forme :
 <code xml>
 <instruments>
@@ Line 237: / Line 238: @@
 Il est possible de définir plusieurs configurations pour un même instruments, dans le cas, par exemple, ou les analyses sont générées dans plusieurs répertoires sources ...
-Actuellement, les formats de données reconnus par eP-Back sont :
+Pour ce qui est des données supportées, vous trouverez
+  * La liste et les spécificités des formats supportés :  [[.:supportedFormats]].
-  * QTOF Waters
+  * La description du [[RawData]] nécessaire pour eP-Back
-  * LTQ / LTQ-FT / OrbiTrap Thermo
-  * QTrap 4000 Applied
@@ Line 317: / Line 315: @@
        <map>
 	  <entry>
-	   <key><value>acquisitionDescriptor.instrument.name</value></key>
+	   <key><value>acquisitionFileDescriptor.acquisition.instrument.name</value></key>
 	   <value>^ORBI</value>
 	  </entry>
@@ Line 359: / Line 357: @@
 Un schéma du contenu d'un message est donné ci-dessous. Pour spécifier une propriété il faut donner son chemin depuis l'objet !AcquisitionMessage. Ainsi pour tester le projet de rattachement de l'acquisition il faut spécifier sampleDescriptor.studyDescriptor.project
-{{  .:ept-model.png }}
+{{ .:ep-col-jmsacq.png }}
+Nota : la nature de l'acquisition (AcquisitionDescriptor => Nature dans le schéma ci-dessus) peut avoir les valeurs suivantes :
+  * BLANK
+  * CONTROL_LC
+  * CONTROL_INSTRUMENT
+  * RESEARCH

ePims

User Tools

Site Tools

Differences

Page Tools