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--- wiki:epims3_3:user:epback [2008/02/21 16:48]
barthe
+++ wiki:epims3_3:user:epback [2008/10/02 10:21] (current)
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-====== Guide d'utilisation d'eP-Back ======
+===== 1. Introduction =====
- ===== 1. Introduction =====
 eP-Back s’inscrit dans le cadre d'ePIMS qui est un système de gestions des données issues de la plateforme protéomique. L’objectif de ce système est de conserver une trace des données produites et de faire de ce système un outil de travail quotidien.
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 Avant d'executer eP-Back il faut avoir correctement configuré l'environnement. Voir la partie [[..:admin:configurationepims#Configuration|administration]].\\ \\ Pour démarrer l'application, il suffit d'executer le fichier eP-Back-<version>.jar qui se trouve à la racine du répertoire eP-Back. Un fichier .bat peut eventuellement être créé pour executer eP-Back avec plus de mémoire :\\ \\ java -Xms64m -Xmx256m -jar eP-Back-<version>.jar\\
 ===== 2. Description général  =====
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   - Bouton de lancement de l'opération
-===== 3. Configuration =====
+\\
+\\
+\\
-==== 1. Choix de l'instrument ====
+----
-Pour choisir l'instrument sur lequel récupérer ou supprimer les données il suffit de le choisir dans la liste proposé (voir partie1 sur la figure 1). Si l'instrument n'apparait pas dans la liste, c'est que celui n'a pas de fichier de configuration associé. Voir la partie [[..:admin:configurationepims#Configuration|administration]]. Les propriétés spécique à l'instrument choisi sont affichés (dans la partie 2 sur la figure 1).
-==== 2. Configuration spécifique ====
-Selon le type de l'instrument sélectionné un panneau de configuration différent apparait sur la partie droite de la fenêtre (voir partie3 sur la figure 1). Dans le cas des QTOF Waters ou des LTQ Thermo les configurations spéciques sont identiques: Demander à traiter les spectres en même temps que les fichiers bruts. Dans le cas des QTOF Waters, il est également nécessaire de spécifier le chemin d'accès aux .pkl.
-{{.:bp_instr_specific.png}}
-==== 3. Choix de l'opération ====
-Les deux opérations possibles, quelque soit le type d'instrument choisi, sont\\
-  * le transfert de données des instruments vers le SAN
-  * la suppression des données sur les instruments.
-{{.:bp_mode_transfert.png}}\\
-En fonction de l'opération choisie, la liste des analyses trouvées pour l'instrument spécifié est modifiée. En effet, ce ne sont pas les mêmes analyses qui sont sélectionnables dans les deux cas. Plus de détails sur les analyses valides et sélectionnables sont donnés ci-après.
-===== 4. Visualisation des analyses =====
-{{.:BP_analyses.PNG}}figure 2 : Les analyses
-==== 1. Les icônes ====
-  * {{.:viewAnalysis.png}} {{.:hideAnalysis.png}} : Visualisation ou non des analyses non sauvegardées. L'icône affichée correspond à l'état actuel.
-  * {{.:viewSavedAnalysis.png}} {{.:hideSavedAnalysis.png}} : Visualisation ou non des analyses déjà sauvegardées. L'icône affichée correspond à l'état actuel.
-  * {{.:selectAll.png}} : Sélectionne toutes les analyses "sélectionnables" (la signification d'une analyse sélectionnable est donnée plus bas)
-  * {{.:selectNone.png}} : Désélectionne toutes les analyses
-  * {{.:selectInverse.png}} :  Inverse la sélection : désélectionne les analyses sélectionnées et sélectionne les analyses "sélectionnables" qui ne l'étaient pas
-  * {{.:refresh.gif}} : Recherche de nouveau les analyses dans le répertoire spécique à l'instrument
-==== 2. La liste ====
-Quelque soit le type de l'instrument sélectionné et donc le format des analyses certaines colonnes sont toujours présentes:\\
-  * Le nom de l'analyse
-  * L'étude dans laquelle elle a été faite
-  * L'échantillon qui a été analysé
-  * La date de l'acquisition
-  * La durée de l'acquisition
-  * La taille du fichier résultat
-  * La destination qui indique où les données seront transférées
-  * L'état de l'analyse
-L'état informe sur la validité des informations fournies. Les différents états possibles pour une analyse sont :\\
-  * Etude invalide : le nom spécifié pour l'étude n'est pas connu de ePims
-  * Sauvegardée : l'acquisition correspondante a déjà été transférée sur le SAN
-  * Etude close : l'étude d'appartenance de l'analyse existe mais est close.
-  * Echantillon invalide : le nom spécifié pour l'échantillon n'est pas connu de ePims
-  * Ech <> etude : L'échantillon spécifié existe mais il est rattaché à une autre étude.
-  * OK : les informations relatives à l'analyse sont cohérentes et elle n'a pas encore été sauvegardée.
-L'état réel d'une analyse peut être une combinaison de ces différents états mais seul le plus "prioritaire" sera indiqué. L'ordre de priorité est celui utilisé ci-dessus. Par conséquent, pour une analyse référencant un échantillon inexistant et appartenant à une étude close, la colonne état indiquera "Etude close".\\ \\ Les acquisitions de contrôles ne sont rattachées à aucune étude ou aucun échantillon. Par conséquent leur état est soit OK, soit Sauvegardée. Pour les identifier, les valeurs ControleLC, ControleInst et Blanc doivent être saisies dans la colonne Etude pour, respectivement, les acquisitions de contrôles des LC, des spectromètres et les blancs utilisés entre deux acquisitions recherches.\\ \\ La table peut être ordonnée selon n’importe laquelle des colonnes affichées. Pour cela, il suffit de double cliquer sur l’en-tête de la colonne. \\
-=== a. Colonnes supplémentaires ===
-Selon le type de l'instrument sélectionné et donc le format des analyses, des colonnes supplémentaires peuvent être affichées.\\ \\ Pour les QTOF Waters les colonnes suivantes sont présentes :\\
-  * Le nom du responsable de l'analyse correspondant à la personne ayant réalisée l'acquisition
-  * Le nom du responsable de l'échantillon
-  * Une description de l'analyse.
-  * Le pkl associé à l'analyse si l'option transfert des spectres à été sélectionnée dans la panneau de configuration spécifique aux QTOF Water (voir chapitre plus haut)
-  * Le prp associé à l'analyse si l'option transfert des spectres à été sélectionné dans la panneau de configuration spécifique aux QTOF Water (voir chapitre plus haut)
-\\ Pour les LTQ Thermo les colonnes suivantes sont présentes :\\
-  * Le nom du responsable de l'analyse correspondant à la personne ayant réalisée l'acquisition
-  * Le nom du responsable de l'échantillon
-  * Une description de l'analyse.
-  * Le mgf associé à l'analyse si l'option transfert des spectres à été sélectionné dans la panneau de configuration spécifique aux LTQ Thermo (voir chapitre plus haut)
-=== b. Modification ===
-Lorsqu'une erreur à été commise lors du renseignement du nom de l'étude et/ou de l'échantillon au moment de l'acquisition, il est possible de corriger ces valeurs au niveau de eP-Back. Pour cela il suffit de double-cliquer sur la cellule du tableau contenant la valeur à corriger.\\ Il est impossible de modifier les valeurs des acquisitions déjà transférées sur le SAN.\\ \\ De plus, il est possible de faire du copier/coller sur plusieurs cellules : sélectionner avec un simple clique la colonne à copier, taper <Ctrl>+C, sélectionner toutes les colonnes pour lesquelles on souhaite saisir la nouvelle valeur et taper <Ctrl>+v. La sélection de plusieurs colonnes se fait avec la touche <shift> et/ou <Ctrl>.\\ \\
-===== 3. Sélection et démarrage =====
-==== 1. Sélection des analyses ====
-La sélection des analyses à copier se fait soit globalement en utilisant les icônes soit analyse par analyse en sélectionnant celles désirées en début de ligne. Le nombre d’analyses sélectionnées ainsi que la taille globale estimée sont affichés en bas à droite du tableau.\\
-En mode nettoyage :
-Seules les analyses déjà sauvegardées peuvent être supprimées des instruments. Néanmoins, il est possible de sélectionner les acquisitions de tests. Pour ça, il faut saisir "test" dans la colonne Etude.
-En mode transfert :
-Les analyses déjà transférées ne sont pas sélectionnables, elles sont en grisées dans le tableau. Toutes les autres analyses sont potentiellement sélectionnables même si il faut d'abord corriger les erreurs de nommage des études/échantillons. Dans tous les cas, il est souhaitable qu'une analyse non enregistrée puisse être sauvegardée !!
-Pour qu'une analyse soit sélectionnable il faut qu'elle soit valide (OK dans la colonne Etat) et que le chemin destination associé soit déterminé.
-==== 2. Démarrage  ====
-Une fois la configuration faite et les analyses sélectionnées, il suffit de cliquer sur le bouton démarrer en bas de la fenêtre.
-Un rapport sur le déroulement des opérations est généré et est accessible depuis l'onglet Rapport
-\\                                                                {{.:Backpims_report.png}}
-Figure 3 : Affichage des analyses, en mode transfert
+**(Continuez vers la suite de la documentation => [[.:ePBackConfiguration]])**

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