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wiki:epims4_1:admin:rawdata_applied

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132.168.72.225
Line 1: Line 1:
 ===== Applied Biosystems ===== ===== Applied Biosystems =====
  
-==== Fichiers WIFF ====+ 
 +==== Fichiers WIFF + SCAN : 'Wiff Scan Applied' ​==== 
 + 
 +A partir d'​eP-Back 1.17.0 
 Cette configuration a été testée pour  Cette configuration a été testée pour 
-  * QTrap 4000+  * Triple TOF mais doit également fonctionner avec les QTrap 4000-5500-6500 ...  
 + 
 +Ce format est compatible avec le format 'QTrap Applied'​ mais permet des configurations supplémentaires. 
 + 
 +Ce format permet de supporter l'​option "Use flat files for scan data" (voir ci-dessus) qui sépare une analyse en 2 fichiers, un .wiff et un .wiff.scan. 
 +Ce format supporte aussi le cas où seul un .wiff est généré. 
 + 
 +**ATTENTION** : Si on utilise la "​simplification"​ des champs de la Sample List/Batch, il est nécessaire de n'​avoir qu'une seule acquisition par fichiers (wiff ou wiff+scan) puisque le nom de l'​acquisition est déduit de celui du fichier.  
 + 
 +Il est toujours possible d'​utiliser la définition des propriétés comme cela a été décrit pour le 'QTrap Applied'​. Dans ce cas, on peut définir plusieurs acquisitions (voir le format 'QTrap Applied'​ ci-dessous !) 
 + 
 +=== Propriétés ===
  
 Dans la sample list de l'​instrument l'​instrument,​ ajouter deux colonnes supplémentaires :  Dans la sample list de l'​instrument l'​instrument,​ ajouter deux colonnes supplémentaires : 
-  - **operateur** ou **operator**+  ​- **operateur** ou **operator**  
 +  - **description** 
 + 
 +Dans le batch file de l'​instrument les propriétés suivantes doivent être définies : 
 +  * :!: //**Sample Name**// ​ contient **le nom ePims de l'​échantillon** 
 +  * :!:  //**Data File**// correspond au nom du **fichier résultat d'​acquisition** et **au nom de l'​acquisition** (sans extension) 
 +  * //​**operateur**//​ ou //​**operator**//​ contient le nom de l'​opérateur de l'​instrument. 
 +  * //​**description**//​ contient **la description** de l'​acquisition. 
 + 
 +La date et la taille de l'​acquisition sont déduites du fichier wiff contenant l'​acquisition. \\ 
 +Pour chaque acquisition,​ il est possible de créer des spectres processés, au format MGF. Ces fichiers .mgf doivent porter le même nom que l'​acquisition et se trouver dans un sous répertoire //MGF// par rapport au répertoire contenant les acquisitions. 
 + 
 +**Note** La durée n'est actuellement pas récupérée. 
 + 
 +=== Propriétés au format 'QTrap Applied'​ === 
 + 
 +Dans la sample list de l'​instrument l'​instrument,​ ajouter deux colonnes supplémentaires :  
 +  ​- **operateur** ou **operator** ​
   - **description**   - **description**
  
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   * //​**description**//​ contient **la description** de l'​acquisition.   * //​**description**//​ contient **la description** de l'​acquisition.
  
-La date et la taille de l'​acquisition sont déduites du fichier wiff contenant l'​acquisition. ​La durée n'est actuellement pas récupérée. ​Pour chaque acquisition,​ il est possible de créer des spectres processés, au format MGF. Ces fichiers .mgf doivent porter le même nom que l'​acquisition et se trouver dans un sous répertoire //MGF// par rapport au répertoire contenant les acquisitions.+La date et la taille de l'​acquisition sont déduites du fichier wiff contenant l'​acquisition. ​\\ 
 +Pour chaque acquisition,​ il est possible de créer des spectres processés, au format MGF. Ces fichiers .mgf doivent porter le même nom que l'​acquisition et se trouver dans un sous répertoire //MGF// par rapport au répertoire contenant les acquisitions.
  
-De plus, il est possible qu'un fichier wiff contienne plusieurs acquisitions. On a dans ce cas plusieurs acquisitions avec un //**Sample Name**// différents qui ont un même //**Data File**//. Ce cas de figure est pris en compte par eP-Back et le fichier wiff est copié une seule fois au niveau de l'étude. En effet, le seul cas testé ​est celui où toutes les acquisitions d'un fichier wiff appartiennent à une  même étude. FIXME Autres cas à tester ...+**Note** La durée n'​est ​actuellement pas récupérée. 
 + 
 +=== Organisation des données ===
  
 Au niveau d'​Analyst (logiciel de commande du QTrap), il est possible de définir plusieurs projets. Chaque projet ayant une structure bien définie. Au niveau d'​Analyst (logiciel de commande du QTrap), il est possible de définir plusieurs projets. Chaque projet ayant une structure bien définie.
Line 37: Line 72:
  
  
-== Incompatibilité connue d'​Analyst 1.5 == + 
-Dans la version 1.5 (et sup.) d'​Analyst,​ une option ​entrainant ​un bug d'​eP-Back ​est coché par défaut. Cette option ("Use flat files for scan data") va obliger Analyst à séparer une analyse en 2 fichiers, un .wiff et un .wiff.scan.+==== Fichiers WIFF : 'QTrap Applied'​ ==== 
 + 
 +Cette configuration a été testée pour  
 +  * QTrap 4000-5500-6500 ... 
 + 
 +=== Propriétés === 
 + 
 +Dans la sample list de l'​instrument l'​instrument,​ ajouter deux colonnes supplémentaires :  
 +  - **operateur** ou **operator**  
 +  - **description** 
 + 
 +Dans le batch file de l'​instrument les propriétés suivantes doivent être définies : 
 +  * :!: //**Sample ID**// ​ contient **le nom ePims de l'​échantillon** 
 +  * :!: //**Sample Name**// contient **le nom de l'​acquisition**  
 +  * //**Data File**// correspond au nom du **fichier résultat d'​acquisition** 
 +  * //​**operateur**//​ ou //​**operator**//​ contient le nom de l'​opérateur de l'​instrument. 
 +  * //​**description**//​ contient **la description** de l'​acquisition. 
 + 
 +La date et la taille de l'​acquisition sont déduites du fichier wiff contenant l'​acquisition. \\ 
 +Pour chaque acquisition,​ il est possible de créer des spectres processés, au format MGF. Ces fichiers .mgf doivent porter le même nom que l'​acquisition et se trouver dans un sous répertoire //MGF// par rapport au répertoire contenant les acquisitions. 
 + 
 +**Note** La durée n'est actuellement pas récupérée. 
 + 
 +=== Organisation des données === 
 + 
 +Au niveau d'​Analyst (logiciel de commande du QTrap), il est possible de définir plusieurs projets. Chaque projet ayant une structure bien définie. 
 +Le répertoire source spécifié à eP-Back peut se situer à deux niveaux: 
 + 
 +  * Au niveau d'un projet. Par conséquent eP-Back recherche sous ce point d'​entré un répertoire //Data// contenant les acquisitions. 
 +    * <​QTrap_Source>​ 
 +      * Data 
 +         * MGF  
 +  * Au niveau des projets d'​Analyst. Dans ce cas eP-Back va proposer la liste de toutes les acquisitions présentes dans tous les projets. Le logiciel recherche dans tous les répertoires du point d'​entré un sous répertoire //Data// contenant les acquisitions du projet. 
 +    * <​QTrap_Source>​ 
 +      * <​projet_1>​ 
 +        * Data 
 +           * MGF 
 +      * <​projet_2>​ 
 +        * Data 
 +           * MGF 
 + 
 + 
 +De plus, il est possible qu'un fichier wiff contienne plusieurs acquisitions. On a dans ce cas plusieurs acquisitions avec un //**Sample Name**// différents qui ont un même //**Data File**//. Ce cas de figure est pris en compte par eP-Back et le fichier wiff est copié une seule fois au niveau de l'​étude. En effet, le seul cas testé est celui où toutes les acquisitions d'un fichier wiff appartiennent à une  même étude. FIXME Autres cas à tester ... 
 + 
 + 
 +== Incompatibilité connue d'​Analyst 1.5 (et sup.) == 
 + 
 +Dans la version 1.5 (et sup.) d'​Analyst,​ une option ​est incompatible avec ce format et entraine ​un bug d'​eP-Back. Cette option ("Use flat files for scan data") va obliger Analyst à séparer une analyse en 2 fichiers, un .wiff et un .wiff.scan. 
 Pour désactiver cette option il faut : Pour désactiver cette option il faut :
   * Sélectionner "​Configure"​ dans le panneau de gauche   * Sélectionner "​Configure"​ dans le panneau de gauche
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 Flat means these files are ordinary files where data is stored byte after byte and not organized in special structures as in compound documents. Flat files are more stable, less likely to become corrupted, and are smaller than compound files. The uncomplicated structure makes reading and writing data more efficient, which simplifies the transfer of large amounts of data over the network. Data in compound documents are more difficult to transmit over the network because of their structural limitations. Both file formats are available for local and network acquisition. Flat means these files are ordinary files where data is stored byte after byte and not organized in special structures as in compound documents. Flat files are more stable, less likely to become corrupted, and are smaller than compound files. The uncomplicated structure makes reading and writing data more efficient, which simplifies the transfer of large amounts of data over the network. Data in compound documents are more difficult to transmit over the network because of their structural limitations. Both file formats are available for local and network acquisition.
 </​code>​ </​code>​
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 +**NOTE** : Si vous souhaitez utiliser cette option il faut utiliser le format WiffScan !
 +
  
  
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