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wiki:epims4_0:admin:configurationepims

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wiki:epims4_0:admin:configurationepims [2009/01/09 11:54]
132.168.73.247
wiki:epims4_0:admin:configurationepims [2009/02/09 11:35]
132.168.73.9
Line 146: Line 146:
  
 === Modifier les scripts === === Modifier les scripts ===
-Modifier les fichiers install_ePims ou redeploy_ePims ( *.bat pour Windows ou *.sh pour Linux) sous **eP-EAR/​**. ​+Modifier les fichiers ​**install_ePims** ou **redeploy_ePims** ( *.bat pour Windows ou *.sh pour Linux) sous **eP-EAR/​**. ​
  
 Renseigner les informations de connexion au serveur Geronimo en indiquant respectivement le chemin vers le répertoire d'​installation de Geronimo, le login et le password de connexion (en tant qu'​administrateur) pour les variables **GERONIMO_HOME_DIR**,​ **GERONIMO_LOGIN** et **GERONIMO_PASSWORD**. Renseigner les informations de connexion au serveur Geronimo en indiquant respectivement le chemin vers le répertoire d'​installation de Geronimo, le login et le password de connexion (en tant qu'​administrateur) pour les variables **GERONIMO_HOME_DIR**,​ **GERONIMO_LOGIN** et **GERONIMO_PASSWORD**.
Line 165: Line 165:
 Le script de //mise à jour// fait la même chose que le script d'​installation sauf concernant les ressources puisque celles-ci sont déjà configurées dans Geronimo.\\ Le script de //mise à jour// fait la même chose que le script d'​installation sauf concernant les ressources puisque celles-ci sont déjà configurées dans Geronimo.\\
 Seules les nouvelles ressources ou celles nécessitant d'​être modifiées sont mise à jour. Seules les nouvelles ressources ou celles nécessitant d'​être modifiées sont mise à jour.
 +
 +:!:**__En cas d'​erreur lors du déploiement__**\\
 +Il se peut qu'il y ait une ou des erreurs lors du déploiement de l'​application (problème de version postgresql, de mot de passe, de configuration des applications,​ etc...). Dans ce cas la commande de déploiement de Geronimo peut avoir laisser des traces qui vont générer des erreurs dans les tentatives d'​installation/​mise à jour suivantes.
 +Vérifier que les dossiers suivants, si ils existent, ne sont pas vide : 
 +  * [GERONIMO_HOME]\repository\console\dbpool\epims_ds\1.0\epims_ds-1.0.rar
 +  * [GERONIMO_HOME]\repository\console\jms\epims_jms\1.0\epims_jms-1.0.rar
 +  * [GERONIMO_HOME]\repository\default\ePims\1.0\ePims-1.0.car
 +
 +Si l'un de ces dossiers existe **ET** est vide il faut le supprimer. C'est un artéfact de la tentative d'​installation précédente.
  
  
Line 202: Line 211:
 epims.root: path complet au Pims root où eP-Back transfert les données. epims.root: path complet au Pims root où eP-Back transfert les données.
    
-  * Fichier ''​./​conf/​instruments.xml''​ : Configuration des instruments. Seuls les instruments connus d'​ePims (et donc référencés dans la base de données ePims) pourront être reconnus ​par eP-Back. De plus le [[RawData|format de données spécifique au modèle de l'​instrument]] doit être supporté ​par eP-Back. Le fichier de configuration pour les instruments est de la forme :+  * Fichier ''​./​conf/​instruments.xml''​ : Configuration des instruments. Seuls les instruments connus d'​ePims (et donc référencés dans la base de données ePims) pourront être reconnus par eP-Back. Le fichier de configuration pour les instruments est de la forme :
 <code xml> <code xml>
 <​instruments>​ <​instruments>​
Line 229: Line 238:
 Il est possible de définir plusieurs configurations pour un même instruments,​ dans le cas, par exemple, ou les analyses sont générées dans plusieurs répertoires sources ... Il est possible de définir plusieurs configurations pour un même instruments,​ dans le cas, par exemple, ou les analyses sont générées dans plusieurs répertoires sources ...
  
-Actuellement, les formats ​de données reconnus par eP-Back sont : +Pour ce qui est des données supportéesvous trouverez  
- +  * La liste et les spécificités des formats ​supportés ​:  ​[[.:​supportedFormats]]. 
-  * QTOF Waters +  * La description du [[RawData]] nécessaire pour eP-Back
-  * LTQ / LTQ-FT / OrbiTrap Thermo +
-  * QTrap 4000 Applied +
  
  
Line 309: Line 315:
        <​map>​        <​map>​
    <​entry>​    <​entry>​
-    <​key><​value>​acquisitionDescriptor.instrument.name</​value></​key>​+    <​key><​value>​acquisitionFileDescriptor.acquisition.instrument.name</​value></​key>​
     <​value>​^ORBI</​value>​     <​value>​^ORBI</​value>​
    </​entry>​    </​entry>​
Line 351: Line 357:
 Un schéma du contenu d'un message est donné ci-dessous. Pour spécifier une propriété il faut donner son chemin depuis l'​objet !AcquisitionMessage. Ainsi pour tester le projet de rattachement de l'​acquisition il faut spécifier sampleDescriptor.studyDescriptor.project Un schéma du contenu d'un message est donné ci-dessous. Pour spécifier une propriété il faut donner son chemin depuis l'​objet !AcquisitionMessage. Ainsi pour tester le projet de rattachement de l'​acquisition il faut spécifier sampleDescriptor.studyDescriptor.project
  
-{{  .:ept-model.png }}+{{ .:ep-col-jmsacq.png }} 
wiki/epims4_0/admin/configurationepims.txt · Last modified: 2011/04/18 15:56 by 132.168.72.130