wiki:epims4_0:admin:configurationepims
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wiki:epims4_0:admin:configurationepims [2009/01/08 17:42] 132.168.73.9 |
wiki:epims4_0:admin:configurationepims [2009/02/09 11:22] 132.168.73.9 |
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|---|---|---|---|
| Line 22: | Line 22: | ||
| == UNDEF_DIR_NAME == | == UNDEF_DIR_NAME == | ||
| - | Nom des répertoires, sur l'espace disque de stockage dédié à ePims, qui contient les projets/études n’appartenant pas à un programme/projet (i.e. : les projets orphelins et études orphelines). | + | Nom des répertoires, sur l'espace disque de stockage dédié à ePims, qui contient les projets/études n’appartenant pas à un programme/projet (= les projets orphelins et études orphelines). |
| == PIMS_ROOT == | == PIMS_ROOT == | ||
| Line 70: | Line 70: | ||
| - redémarrer le serveur | - redémarrer le serveur | ||
| - | La nouvelle configuration devrait être pris en compte. | + | La nouvelle configuration devrait être prise en compte. |
| Line 95: | Line 95: | ||
| __Remarque__ : Si lors de l'étape de la configuration du serveur Geronimo ([[.:configuration#apache_geronimo_2.0]]) la version de la librairie postgresql n'était pas identique, il faut également modifier la partie dépendance pour postgresql dans ce fichier (deploy_ds.xml) | __Remarque__ : Si lors de l'étape de la configuration du serveur Geronimo ([[.:configuration#apache_geronimo_2.0]]) la version de la librairie postgresql n'était pas identique, il faut également modifier la partie dépendance pour postgresql dans ce fichier (deploy_ds.xml) | ||
| - | |||
| - | |||
| - | === Modifier les scripts === | ||
| - | |||
| - | Modifier les fichiers install_ePims ou redeploy_ePims ( *.bat pour Windows ou *.sh pour Linux) sous **eP-EAR/**. | ||
| - | |||
| - | Renseigner les informations de connexion au serveur Geronimo en indiquant respectivement le chemin vers le répertoire d'installation de Geronimo, le login et le password de connexion (en tant qu'administrateur) pour les variables GERONIMO_HOME_DIR, GERONIMO_LOGIN et GERONIMO_PASSWORD. | ||
| - | |||
| ==== Configuration d'eP-Web ==== | ==== Configuration d'eP-Web ==== | ||
| Line 149: | Line 141: | ||
| 1. l'adresse mail du web master devant être contacter en cas de problème \\ | 1. l'adresse mail du web master devant être contacter en cas de problème \\ | ||
| - | ==== Configuration d'eP-Admin ==== | ||
| - | Définition des propriétés spécifiques à eP-Admin: | ||
| - | * Fichier ''**eP-EAR/eP-Admin/WEB-INF/classes/cea/edyp/epims/admin/client/util/**EPimsAdmin.properties'' : Configuration des propriétés spécifique à eP-Admin | ||
| - | <code> | ||
| - | login.pb.mail= adresse mail 1. | ||
| - | </code> | ||
| - | 1. l'adresse mail de la personne à contacter en cas de problème de connexion\\ | ||
| ==== Déploiement d'ePims ==== | ==== Déploiement d'ePims ==== | ||
| + | |||
| + | === Modifier les scripts === | ||
| + | Modifier les fichiers **install_ePims** ou **redeploy_ePims** ( *.bat pour Windows ou *.sh pour Linux) sous **eP-EAR/**. | ||
| + | |||
| + | Renseigner les informations de connexion au serveur Geronimo en indiquant respectivement le chemin vers le répertoire d'installation de Geronimo, le login et le password de connexion (en tant qu'administrateur) pour les variables **GERONIMO_HOME_DIR**, **GERONIMO_LOGIN** et **GERONIMO_PASSWORD**. | ||
| + | |||
| + | === Lancer le déploiement === | ||
| + | Pour cette étape il faut que votre **serveur Geronimo soit démarré**. | ||
| **__Pour une 1ere installation__** \\ | **__Pour une 1ere installation__** \\ | ||
| Line 209: | Line 202: | ||
| epims.root: path complet au Pims root où eP-Back transfert les données. | epims.root: path complet au Pims root où eP-Back transfert les données. | ||
| - | * Fichier ''./conf/instruments.xml'' : Configuration des instruments. Seuls les instruments connus d'ePims (et donc référencés dans la base de données ePims) pourront être reconnus par eP-Back. De plus le [[RawData|format de données spécifique au modèle de l'instrument]] doit être supporté par eP-Back. Le fichier de configuration pour les instruments est de la forme : | + | * Fichier ''./conf/instruments.xml'' : Configuration des instruments. Seuls les instruments connus d'ePims (et donc référencés dans la base de données ePims) pourront être reconnus par eP-Back. Le fichier de configuration pour les instruments est de la forme : |
| <code xml> | <code xml> | ||
| <instruments> | <instruments> | ||
| Line 236: | Line 229: | ||
| Il est possible de définir plusieurs configurations pour un même instruments, dans le cas, par exemple, ou les analyses sont générées dans plusieurs répertoires sources ... | Il est possible de définir plusieurs configurations pour un même instruments, dans le cas, par exemple, ou les analyses sont générées dans plusieurs répertoires sources ... | ||
| - | Actuellement, les formats de données reconnus par eP-Back sont : | + | Pour ce qui est des données supportées, vous trouverez |
| - | + | * La liste et les spécificités des formats supportés : [[.:supportedFormats]]. | |
| - | * QTOF Waters | + | * La description du [[RawData]] nécessaire pour eP-Back |
| - | * LTQ / LTQ-FT / OrbiTrap Thermo | + | |
| - | * QTrap 4000 Applied | + | |
| Line 316: | Line 306: | ||
| <map> | <map> | ||
| <entry> | <entry> | ||
| - | <key><value>acquisitionDescriptor.instrument.name</value></key> | + | <key><value>acquisitionFileDescriptor.acquisition.instrument.name</value></key> |
| <value>^ORBI</value> | <value>^ORBI</value> | ||
| </entry> | </entry> | ||
| Line 358: | Line 348: | ||
| Un schéma du contenu d'un message est donné ci-dessous. Pour spécifier une propriété il faut donner son chemin depuis l'objet !AcquisitionMessage. Ainsi pour tester le projet de rattachement de l'acquisition il faut spécifier sampleDescriptor.studyDescriptor.project | Un schéma du contenu d'un message est donné ci-dessous. Pour spécifier une propriété il faut donner son chemin depuis l'objet !AcquisitionMessage. Ainsi pour tester le projet de rattachement de l'acquisition il faut spécifier sampleDescriptor.studyDescriptor.project | ||
| - | {{ .:ept-model.png }} | + | {{ .:ep-col-jmsacq.png }} |
wiki/epims4_0/admin/configurationepims.txt · Last modified: 2011/04/18 15:56 by 132.168.72.130
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